Tính đến tháng 5 năm 2007 đã có tổng cộng 45 vụ tai nạn khiến Boeing 747 bị phá hủy, 3.707 người thiệt mạng.[164] Ít vụ rơi máy bay được cho là do những sai sót trong thiết kế của 747.

Thảm hoạ Tenerife xảy ra là do lỗi của phi công, đài kiểm soát không lưu (ATC), khiến cho 2 chiếc 747 va chạm và làm 335 người chết.

Chuyến bay 123 của Japan Airlines và Chuyến bay 611 của China Airlines bị rơi do sửa chữa sai.

Chuyến bay 801 của Korean Air bị rơi khi đang tiếp cận sân bay, dẫn đến những khuyến cáo an toàn về độ cao tối thiểu của máy bay.

Vụ va chạm trên không trung tại làng Charkhi Dadri năm 1996 giữa máy bay Ilyushin Il-76 và máy bay 747 đã trở thành vụ va chạm giữa không trung tồi tệ nhất, làm tổng cộng 349 người chết.

Chuyến bay 811 của United Airlines bị nổ trên không vào 24 tháng 2-1989, dẫn đến Ủy ban an toàn vận tải quốc gia (NTSB) đưa ra khuyến cáo về cửa hàng hóa của 747-200 tương tự như những cửa hàng hóa trên chiếc 747 bay chuyến 811 cần phải được sửa đổi.

Chuyến bay 007 của Korean Air Lines đã bị máy bay tiêm kích của Liên Xô bắn hạ khi nó bay lạc đường vào không phận của Liên Xô, đây là nguyên nhân dẫn đến tổng thống Mỹ Reagan cho phép sử dụng hệ thống định vị Global Positioning System (GPS) của quân đội vào mục đích dân sự.

Chuyến bay 800 của TWA là một chiếc 747-100 bị nổ trên không vào 17 tháng 7 năm 1996, dẫn đến Cơ quan quản lý hàng không Liên bang đưa ra điều luật quy định lắp đặt một hệ thống chữa cháy ở thùng nhiên liệu trung tâm của hầu hết máy bay cỡ lớn.

Chuyến bay 9 của British Airways là một sự cố đặc biệt, khi máy bay xuyên qua vùng tro núi lửa và phát ra ánh sáng xanh kì quái, sau đó cả bốn đông cơ đều tắt và khói tràn vào ca bin. Rất may, toàn bộ hành khách và phi hành đoàn đều an toàn sau sự cố đó.